lo bueno del flash es que lo cuelgas en la web y se puede jugar casi al instante.
una aplicación de pc requiere que el cada persona vea si le gusta, decida bajarla, la instale, y la pruebe.
yo lo haría con la herramienta con la que te manejes mejor, cuanto más fácil sea para ti hacer el juego, mas posibilidades tendrás de acabarlo.