Es cierto lo del tiempo. En realidad, se para porque durante este tiempo no debe contar el contador. Pero hay un error, como tu dices, puesto que deberían mantenerse los FPS y eso...¡no lo hago correctamente!
Respecto al principio, el programa tarda 1 segundo en calcular los FPS. Lo correcto sería durante ese segundo, que se viera todo negro...
Gracias por todo