Tienes varias formas, como bien dice Josepzin, puedes usar una operación booleana(modificador) pero no te lo recomiendo, porque la maraña de problemas que da lo hacen poco recomendable.
Si quieres perforar un objeto, lo mejor es subdividirlo en varias caras y borras varias caras del tirón, eso hara un agujero.
Si quieres el agujero más o menos circular solo es usar "to circle" o las "looptools" (viene en los plugins) para relajar los vertices o a mano inclusive.
Lo que comentan de extrusión, sirve para hacer boquetes también, pero genera caras nuevas, quizas no te interesa si quieres un hueco limpio.
Un saludo.
