Si me esta dando el consejo de migrar a Flashpunk un admin de stratos, habra que hacerle caso.
Hombre, espero que la decision la tomes por algo más que mi cargo en el foro

Yo he llegado a desarrollar dos proyectos con Flixel por que fue lo primero que me recomendaron:
Aquanoid y
Escape From Hell. Flixel es un framework completo, gestor de estados, entidades, sencillo sistema de colisiones, etc... pero luego en la practica me he encontrado serios problemas que me han hecho perder mucho tiempo programandome a pelo cosas que me deberia dar Flixel y no lo hace por bugs inexplicables en ciertos casos (en otros te toca joderte y reprogramar tu codigo de manera que esquives los bugs).
Luego, para un tercer proyecto en el que estoy trabajando, por recomendacion de varios compañeros de aqui del foro, me recomendaron que probara FlashPunk. Esta tambien muy completo aunque por ejemplo este no trae un sistema de colisiones como Flixel, pero vamos, o te las programas o le chutas Box2D y listos. Por lo demas a mi me ha gustado más que Flixel en cuanto a la gestion de graficos y efectos, por como implementa su sistema de entidades, y lo más importante. Hasta la fecha no me he topado con ningun bug extraño, de hecho ha sido un camino de rosas en comparacion con Flixel.
Sobre comunidad yo no me preocuparia, piensa que tanto Flixel como FlashPunk son igual de populares y se usan en muchos proyectos, por lo que hay mucha gente por detras trabajando con el.
Yo lo que he tenido en su momento en cuenta para pasar de Flixel a FlashPunk fue el que hubiera más gente que se quejara tambien de bugs en Flixel y que mucha gente me recomendara FlashPunk como mejor alternativa. Despues fue probarlo para comprobar que era cierto.
Espero que sea un buen motor para juegos. ¿sobre flex o AS3, verdad?. Y que tenga una buena wiki y comunidad 
Su web y sus foros:
http://flashpunk.net/. Se programa en Flex con AS3 y si quieres ejemplos de juegos desarrollados con el puedes mirar los de uno de los compañeros del foro:
http://www.questtracers.com/Espero que esto te sirva de algo para tomar la decisión

Salu2...