Se recomienda mucho cuando desarrollas un videojuego crearte hitos, dividiendo tu trabajo en tareas pequeñas que sean fáciles de completar, mejorando tu motivación y estado anímico.
Mirando programas el que más me ha convencido es HackPlan, tiene licencia gratuita y está diseñado específicamente para el diseño de videojuegos, aunque como de momento no trabajo en equipo no sé hasta que punto la versión Free puede estar limitada.
Abro el tema para saber cómo gestionáis vosotros esto y qué recomendáis, yo tengo muy poca experiencia y me gustaría saber cómo lo enfocáis vosotros.
Yo uso Hack´n´Plan desde hace un par de años y estoy muy contento con él. Además es desarrollado por un español! ;)